複雑で広大なダンジョンを探索するに当たって、その中継地点となる「アストラルゲート」が各ダンジョンに2〜3個ほど設置されています。ここではセーブやゲート間の移動が可能になっており、プレイヤーにとってはありがたい存在です。ダンジョンにあるアストラルゲートを見つけておけば、町からダンジョンの内部へ直接移動することができるようになり、複数のダンジョンを同時進行で攻略することも可能です。
島には壺に封印された「魔神」が全部で3人眠っており、ゲームを進めることで順次仲間になっていきます。各魔神はそれぞれ個性的な性格・能力を持ち、あるアイテムを手に入れるまでは同時に召喚することは不可能となっています。よって、それまではプレイヤーと魔神1人のパーティー編制になります。各ダンジョンには様々な敵が登場するので、状況にあわせて適切な魔神に切り替えていくことも大切です。
ネフェシエルには非常に多くのアイテムが登場し、一見何の役にも立ちそうにないアイテムでも、ある場所で強力な武具と交換してくれます。また、最初は謎だらけのストーリーですが、「書物」を集めていくことで魔神やこの島の秘密が次第に解き明かされていきます。これらのアイテムを全て集めるのはかなりの時間と根気が必要ですが、やり込み派には嬉しい要素です。